Fenerbahçe müzesinde helal kupa olarak adlandırılan toplam 15 kupa bulunmaktadır. Bu kupalar arasında:
Ayrıca, Fenerbahçe'nin 1959 öncesi dönemde kazandığı ve TFF tarafından resmi olarak kabul edilmeyen şampiyonluklar da "helal kupa" olarak anılmaktadır, ancak bu şampiyonluklar resmi statüde sayılmaz.
Fenerbahçe'nin müzesindeki toplam kupa sayısı ise 426'dır.
Fenerbahçe'nin "helal şampiyonlukları" olarak adlandırılan şampiyonlukları, 1959 yılı öncesinde kazandığı şampiyonluklardır. Bu şampiyonluklar arasında: Türkiye Futbol Şampiyonası: 1932, 1933, 1935, 1936, 1937, 1940; Millî Küme: 1937, 1940, 1950; İstanbul Lig Şampiyonlukları: 15 kez. Türkiye Futbol Federasyonu (TFF), bu dönemdeki şampiyonlukları resmi lig şampiyonlukları olarak kabul etmemektedir.
Fenerbahçe, Türkiye Kupası'nı (günümüzde Ziraat Türkiye Kupası olarak adlandırılmaktadır) 7 kez kazanmıştır. Kazandığı sezonlar: 1967-1968; 1973-1974; 1978-1979; 1982-1983; 2011-2012; 2012-2013; 2022-.
Fenerbahçe Spor Kulübü Müzesi'nde şu bölümler bulunmaktadır: Dünya'da futbolun doğuşu ile ilgili özet dokümanların sunulduğu bölüm. Fenerbahçe'nin 1907 yılındaki kuruluş toplantısının mumyalarla canlandırıldığı ve döneminin eşyalarının sergilendiği bölüm. Fenerbahçe'nin her dönemde kullandığı formalar, çoraplar ve futbol ayakkabılarının sergilendiği bölümler. Mustafa Kemal Atatürk'ün kulübü ziyareti ve kulüp şeref defterini imzalama anının mumyalı olarak canlandırıldığı bölüm. İşgal döneminde Kurbağalıdere'deki lokalden cepheye silah kaçırılma anının mumyalarla canlandırıldığı bölüm. General Harington Kupası ve işgal orduları ile yapılan futbol müsabakalarının orijinal fotoğraflarının sergilendiği bölüm. İlk iki nizamnamenin asılları ve Osmanlıca çevirilerinin sergilendiği bölüm. Kuruluştan itibaren tüm branşlardaki başarıları simgeleyen kupalar, şiltler ve madalyaların sergilendiği bölümler. Belgeler, beratlar, eski üye kartları, eski lisanslar ve eski müsabakalardan fotoğrafların tarihsel bir sıra içinde sergilendiği bölümler. Eski maç ve gösterilerden filmlerin sunulduğu "Sinema Odası". Kulüp tarihi ile ilgili kitapların yer aldığı "Arşiv ve Kütüphane Bölümü".
Fenerbahçe'nin 5 yıldız kullanımı, 1959 öncesi Türkiye şampiyonluklarını da hesaba katmaktadır. Fenerbahçe'nin 1959 öncesi kazandığı kupalar şunlardır: Türkiye Futbol Birinciliği: 1932-33, 1934-. Milli Küme: 1936-37, 1939-40, 1942-43, 1944-45, 1945-46, 1949-. Ancak, bu şampiyonlukların resmi olarak kabul edilip edilmeyeceği Türkiye Futbol Federasyonu'nun değerlendirmesine bağlıdır.
Fenerbahçe takımının en büyük kupası olarak, 1968 yılında kazandığı Balkanlar Kupası gösterilebilir. Fenerbahçe'nin diğer önemli kupaları arasında: Süper Lig şampiyonlukları: 28 kez. Türkiye Kupası: 7 kez. Türkiye Süper Kupası: 9 kez.
Fenerbahçe müzesinde 9 adet Süper Kupa bulunmaktadır. Fenerbahçe, Türkiye Süper Kupası'nı 2007, 2009 ve 2014 yıllarında kazanmıştır.
Fenerbahçe'nin "helal kupa" olarak nitelendirilen şampiyonlukları, 1959 öncesi dönemde Türkiye Futbol Şampiyonası olarak bilinen organizasyonlarda elde ettiği şampiyonluklardır. Fenerbahçe'nin "helal kupa" olarak değerlendirilebilecek bazı şampiyonlukları: 1966-67 sezonunda kazanılan Balkan Kupası; 2000-2001, 2004-2005 ve 2013-2014 sezonlarında kazanılan Süper Lig şampiyonlukları. Tartışmalı durumlar nedeniyle, bu şampiyonlukların "helal" olup olmadığı hukuki ve etik açıdan tartışılabilir.
SON YAZILAR